A pesar de las promesas oficiales, organizaciones ambientales aseguran que las estructuras de protección de especies en el proyecto no cumplen su función y fragmentan el hábitat natural. El megaproyecto del Tren Maya, que recorren varios estados del sureste mexicano, supuestamente contempla la construcción de más de 571 pasos de fauna diseñados para permitir la conectividad ecológica entre distintos hábitats. Sin embargo, organizaciones ambientales y expertos advierten que estas estructuras no cumplen con su propósito de facilitar el paso de especies silvestres y, en algunos casos, ni siquiera son funcionales. Los defensores del medio ambiente señalan que los pasos de fauna, en su mayoría túneles y puentes, son insuficientes en número y diseño, y algunos incluso parecen ser drenajes transversales que no contribuyen a la protección de la biodiversidad. La fragmentación del hábitat natural causada por la infraestructura de la vía elevó la preocupación por la supervivencia de especies amenazadas como el jaguar, el tapir y el ocelote, ya que los obstáculos físicos dificultan su circulación. A pesar de las promesas de avances en la protección de la fauna, la realidad en el terreno muestra retrasos significativos. La segunda licitación para gestionar la protección y monitoreo de especies quedó desierta por imposibilidad de ajustar propuestas económicas al presupuesto establecido. Además, proyectos locales para la creación de pasos de fauna en la carretera 307 también están en fases iniciales y aún no se han implementado. La falta de acciones concretas y la evidencia de estructuras no diseñadas para ese fin ponen en duda la eficacia del plan ambiental del proyecto, que todavía no logra compensar plenamente sus impactos en el ecosistema, a casi un año de su inicio. Por otro lado, organizaciones como Ocean Futures han solicitado la restitución del corredor biológico en tramos clave, pero aún permanecen sin respuesta. La protección efectiva de la biodiversidad en esta región
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